La Villa viene edificata dalla famiglia Pirovano, che grande ruolo ebbe nelle vicende non solo locali. Di questa originaria fondazione rimane oggi il seicentesco corpo principale. L’edificio subisce però un radicale riassetto nel corso dell’Ottocento, che riveste la proprietà di decorazioni di gusto eclettico e la amplia con l’aggiunta di nuovi corpi di fabbrica: l’elemento più caratteristico, costruito proprio in questa fase di rinnovamento, è la torre neogotica a pianta circolare, adibita inizialmente ad armeria e nel Novecento a sala da the, serra e infine rustico.
Un ritratto di Villa Manara alla metà Ottocento ci è offerto da Ignazio Cantù con queste parole che ben descrivono il suggestivo complesso eclettico: "Magnificenza ed eleganza abbellirono la villa Pirovano, una delle migliori della Brianza, che occupa un ricinto di più che cento pertiche di terra, con casino e sala svizzera, sala da bigliardo benissimo addobbata e superiormente sala cinese che ritrae vivamente le foggie di quella nazione. Risponde a questo un appartamento rusticale a modo di castello elvetico a cui danno maggior verità i merli del ricinto. Qui fiori e frutti destinati dalla natura ad altri climi, sotto altri cieli; qui lago, qui isoletta, e monumenti d'affezione, qui boschi di platani e di pini, e fonti di limpid'acque, e tortuosi viali, e tempietto, e grotte, e capanne rustiche al di fuora, al di dentro abbellite da gabinetti, e torre rotonda con ricca armeria, e cippi sepolcrali, e al di là poco discosta feconda regnaia (ròccol)."
Nel 1833 la villa viene acquistata dalla famiglia Manara che la utilizza come residenza estiva fino al 1849. Sono gli anni difficili delle sommosse che scuotono l’Italia risorgimentale, e proprio in memoria dell’eroe Luciano Manara, caduto nel 1849 in difesa della Repubblica Romana, la famiglia fa costruire nel parco un tempietto che ancora oggi conserva le sue spoglie.
Ai Manara succedono per linea ereditaria i Mannati, uno dei quali aveva sposato Virginia, una sorella di Luciano Manara. Negli anni Trenta del Novecento, la villa viene venduta riducendo l’estensione del parco, che in origine si sviluppava fin oltre l’attuale strada provinciale, mentre il laghetto e lavatoio un tempo posti sotto la tomba di Manara, risultano scomparsi già nell’Ottocento.